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神舟六号飞船飞行的目的不仅为了载人，还有一系列对地观测和科学实验任务，重点完成出舱活动、交会对接试验和发射空间实验。 据了解，利用留轨舱进行交会对接试验，可充分利用飞船的技术成果研制出一个空间实验室，解决我国一定规模的空间应用问题，以弥补飞船的有效载荷少、飞行时间短、单位有效载荷发射成本太高的缺陷，使我国尽早建立起相对完整配套的载人航天工程体系。 对于神六，两名航天员在入轨后有1人控制飞船，另1人则可进入轨道舱开展科学实验。
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宇航员要进行太空行走，并利用在舱外的时间组装地球同步轨道仓。修理去年发射失灵的一颗军事卫星。
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神舟六号飞船飞行的目的不仅为了载人，还有一系列对地观测和科学实验任务，重点完成出舱活动、交会对接试验和发射空间实验。