UPMGA怎么计算,可以用哪些软件
热心网友
你问的应该是UPGMA （un-weighted pair-group method with arithmetic mean）吧？中文一般称之为平均距离法，采用的是两两逐步归类的方法，首先计算出所有不同材料对之间的遗传距离（遗传距离具有多种不同度量，不同种类研究可能存在不同的喜好，可参照前人同一种类研究中常用的度量），得到遗传距离矩阵，再根据遗传距离的大小逐步归类。聚类分析的单元称为OTU（Operational Taxonomic Unit)，如果原始材料有n份，则计算之初有n个OTU，先将遗传距离最小的一对材料（即1对OTU）聚为一组，再把该组当成1个OTU看待，重新比较（n-1)个OTU中哪一对遗传距离最小并将其聚为一组，如此反复运算，最终完成所有的聚类分析。NTSYS是国际上常用的软件，国内有SPSS等软件。附件为UPGMA的简单例子。