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明朝皇陵墓有3处:开国者及第二任皇帝定都南京 ,故墓地在南京,由于朱元璋号称以孝治理天下,故名孝陵.后自成祖朱棣开始定都北京,自此后明朝皇家陵墓均在北京,共有13位帝王及后葬于此,故名13陵.除此之外,明开国皇帝在登基前,曾计划在家乡安徽凤阳建都,并已修建都城,后来又定都南京,建陵于南京.因而一般将凤阳的都城建筑称为"中都",而朱元璋又将其父母及兄嫂墓扩建,称为明第三处皇陵.
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因为那时候明朝的都城在南京，在永乐皇帝即朱棣时才迁都北京，首先是因为朱棣的封地在北京，而且他也是因为打着清君侧的名义才抢了朱允文的江山，所以"明孝陵"当然在南京喽！
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明朝开国于南京，老朱死于此。后其子朱棣发动靖难从侄儿手中夺权，在南京住的特别害怕。走了。不过小朱原来封王就是在北京也算是回自己家。
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因为明朝开国皇帝朱元璋，建都于南京，死后葬于南京钟山之阳，所以称"明孝陵"。那时候明朝还在南京了，当然葬于南京了。不知道小女子解释是否满意？